1. Fizika İnstitutu

2. İdarəetmə Sistemləri İnstitutu

3. Riyaziyyat və Mexanika İnstitutu

4. Radiasiya Problemləri İnstitutu

5. Nəsirəddin Tusi adına Şamaxı Astrofizika Rəsədxanası

6. İnformasiya Texnologiyaları İnstitutu

7. Biofizika İnstitutu