1. Fizika İnstitutu
2. İdarəetmə Sistemləri İnstitutu
3. Riyaziyyat və Mexanika İnstitutu
4. Radiasiya Problemləri İnstitutu
5. Nəsirəddin Tusi adına Şamaxı Astrofizika Rəsədxanası
6. İnformasiya Texnologiyaları İnstitutu
7. Biofizika İnstitutu